Gra wstępnie była tworzona pod tytułem "Super Contra IV", gdyż to nes-owa "Contra Force" miała być w pierwotnych założeniach trzecią odsłoną cyklu. Jednak opóźnienia w produkcji "Contry Force" sprawiły, że to "The Alien Wars" otrzymało "trójkę" w tytule.
Japońska wersja gry zatytułowana "Contra Spirits" zawiera trzy oszustwa, które są niedostępne w innych wydaniach. W tej wersji można sobie włączyć trzydzieści żyć, wybrać poziom z menu oraz przeprowadzić test dźwięku. Ponadto port ten posiada nieskończoną liczbę kontynuacji, podczas gdy w zachodnich wydaniach, kontynuacje uzależnione są od wybranego poziomu trudności.
Europejska wersja gry zatytułowana "Super Probotector: Alien Rebels" jest portem amerykańskiego wydania z tą różnicą, że postacie komandosów zostały zastąpione robotami o kryptonimach RD008 i RC011.